Le SCoT n'est il pas un super Plan Local d'Urbanisme (PLU) ?

Non. En effet, le SCOT ne peut déterminer l'utilisation du sol parcelle par parcelle, sauf pour les espaces à protéger. Il donne des orientations générales et ne se substitue nullement aux plans locaux d'urbanisme.
En revanche, il ne servirait à rien de poser des règles générales si chacun, au niveau communal, pouvait refuser de les appliquer.
Les décisions locales –carte communale, PLU– mais aussi les autres documents généraux –programme local de l'habitat, plan de déplacements urbains, schéma d'équipement commercial– devront être compatibles avec le SCoT qui sert de cadre : leurs règles ne devront donc pas être contradictoires avec les principes définis par le schéma, mais devront concourir à leur mise en oeuvre.

Que se passe-t-il pour les PLU antérieurs au SCoT ?

Dès l'entrée en vigueur du SCoT, les communes auront trois ans pour mettre en compatibilité leur PLU avec les orientations du SCoT.
Cela ne signifie en aucun cas qu'il faille attendre que le SCOT ait été approuvé pour pouvoir disposer d'un plan local d'urbanisme ni pour pouvoir modifier ou réviser ceux qui existent. D'autant plus que, si la commune est dotée d'un POS, Plan d'Occupation des Sols (document d'urbanisme communal antérieur aux PLU), celui-ci devra se rendre compatible sans délai avec les orientations du SCoT. Dans le cas contraire, l'autorité administrative devra appliquer le Règlement National d'Urbanisme (RNU) qui limite considérablement les projets de la commune.

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